Paddestoelen zijn schimmels . Ze onderscheiden zich van andere schimmels doordat ze vruchtlichamen hebben die groter zijn dan 1 mm . Doordat ze grotere vruchtlichamen hebben worden paddestoelen ook wel macrofungi genoemd. De andere schimmels heten microfungi . Tot de microfungi horen niet alleen de witte korsten op oud eten, ook de gist, die belangrijk is voor het maken van brood, bier en wijn, is een schimmel. Wetenschappelijk gezien maken paddestoelen deel uit van twee groepen schimmels: de zakjeszwammen en de steeltjeszwammen . Voorbeelden van soorten die bij de zakjeszwammen horen zijn de Geweizwam en de Gewone morielje. Verreweg de meeste paddestoelen in Nederland zijn steeltjeszwammen.